De acht afdelingen van het Vlaams Compostelagenootschap organiseren activiteiten in hun regio: wandelingen, pelgrimsontmoetingen, meerdaagse staptochten, gespreksavonden … Het opzet is vooral om leden in contact te brengen met andere leden, om pelgrims de gelegenheid te geven te praten met andere pelgrims over hun plannen en ervaringen. Sommige afdelingen helpen mee om nationale activiteiten te organiseren.
Afdelingen zijn groepen binnen het Genootschap. Ze werken dus niet onafhankelijk van het Genootschap. Ze worden geleid door een bestuursploeg van vijf tot tien personen. Het bestuursorgaan duidt de afdelingsverantwoordelijke aan.