De negen afdelingen van het  Vlaams Compostelagenootschap organiseren activiteiten in hun regio: wandelingen, meerdaagse staptochten, gespreksavonden, infoavonden. De opzet is vooral om leden in contact te brengen met andere leden, om  pelgrims de gelegenheid te geven te praten met andere  pelgrims over hun plannen en ervaringen. Sommige afdelingen helpen mee om nationale activiteiten te organiseren. Afdelingen zijn groepen binnen het Genootschap. Ze werken dus niet onafhankelijk van het Genootschap. Ze worden geleid door een bestuursploeg van vijf tot tien personen. De afdelingsverantwoordelijke wordt aangeduid door het bestuursorgaan.